怎么大规模鉴定miRNA靶基因?miRNA靶基因鉴定的首选工具介绍|精彩看点

关于mirna靶基因分析(怎么大规模鉴定miRNA靶基因?) 这个很多人还不知道,今天小编来为大家解答以上的问题,现在让我们一起来看看吧!

mirna靶基因分析(如何大规模鉴定miRNA靶基因?)

降解测序


(相关资料图)

miRNA靶基因鉴定的首选武器

说到degradome测序,想必知道的人都不陌生。是miRNA靶基因鉴定的首选工具!没联系过的人又感叹,这算什么?生活就是这样,总是充满各种差异。但是,最重要的是,不管有没有接触过,都要有必要的知识储备。这也是小编文章的初衷。和小编一起散步吧~

降解测序的起源

说到降解基因组测序,我们必须从microRNA开始。MicroRNA(miRNA)是一种内源性非编码小RNA,长度约22nt,在转录后水平上以完全或不完全匹配的方式与mRNA(靶基因)结合,引起mRNA剪切降解或抑制mRNA翻译来调节基因表达,进而发挥其生物学调节功能。在动物中,基因翻译大多被抑制,而在植物中,目标基因大多被剪切。

由于mirna的结构特点和调控方式,一个mirna可以调控上百个靶基因,一个靶基因也可以被多个mirna调控,从而构建了一个复杂交错的调控 *** 。miRNA调控功能的解释离不开miRNA调控靶基因的鉴定。

生物信息学预测可以发现大量潜在的miRNA靶基因,但生物信息学预测的靶基因假阳性率高,必须通过实验来证实,极大地影响了靶基因探索的效率。同时,当miRNA与靶基因高度错配时,可能会丢失很多真正的靶基因。通过实验鉴定miRNA靶基因将是一种更为准确的方法,因此Degradome测序应运而生。

Degradome sequencing的主要降解基团,顾名思义,是降解的RNA片段,具体来说就是这里的mRNA的降解(或剪切)片段。Degradome测序又称大规模平行末端分析,是利用高通量测序技术对降解(或剪切)的mRNA片段进行测序分析,准确高效地筛选miRNA的靶基因。

具体来说,靶基因被miRNA切割后会产生两个片段,5’片段和3’片段。其中,3’切割片段,含有游离的5’单磷酸和3’多聚腺苷酸尾,可被RNA连接酶连接,连接产物经扩增后可用于下游高通量测序;而完整的mRNA具有5’帽子结构,5&优优资源网#39具有帽子结构;切下的片段或其他缺少5 "单磷酸基团的RNA不能被RNA连接酶连接,因此不能进入下游测序实验。结合miRNA切割的特点和相关的分析工具,可以在全球范围内大规模地识别miRNA切割的靶基因。

将降解群数据与mRNA序列进行对比,可以直观地发现,mRNA序列中的某个位点会出现一个峰,这个位点就是候选的miRNA切割位点(如下优优资源 *** 图所示)。

degradome测序的显著性表明degradome测序更适合于植物miRNA的靶基因鉴定。Degradome测序基于真实的实验数据识别出miRNA切割的目标基因,不仅可以高通量找到miRNA的目标基因,还可以进一步缩小后续研究的范围,大大简化后续验证工作的Yoyo资源 *** ,大大提高数据的准确性和说服力。

看完之后对degradome测序有所了解吗?下次有人问你,你可以自豪地说,这是常识,就算你不知道这个,那和咸鱼干有什么区别?哈哈哈~

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